IGLESIA

Arquitectura gótico-mudéjar, incorporando restos de la Rábida almohade. Artesonado mudéjar, reconstruido en el diecinueve. Restos de decoración al fresco en sus muros, que datan de finales del S. XV. Soberbia talla del Crucificado, a fechar en el protogótico. Capillas laterales del S. XVII con azulejería sevillana de la misma época y restos de pintura al fresco en sus paredes de idéntica centuria.
Debajo del Altar mayor, el enterramiento de Martín Alonso Pinzón, muerto en el Monasterio a los pocos días del regreso. Y sobre todo:

LA CAPILLA DE SANTA MARIA DE LA RABIDA, Nuestra Señora de los Milagros. Su arquiectura corresponde a unas de las torres de defensa en la construcción musulmana e Incorporada al templo en el siglo XIX, mediante un arco rebajado.

La Imagen de la Virgen , es la pieza más importante, desde el punto de vista artístico, histórico y religioso del  Monasterio. Se trata de una pequeña talla en alabastro, perteneciente al gótico pirenáico , y datable a finales del S. XII. Podría tratarse de una imagen de silla o batalla. El Papa Juan Pablo II, cuando en 1993, quiso celebrar el V Centenario de la Evangelización del Continente Americano , se desplazó hasta este pequeño Monasterio, para coronar canónicamente esta imagen, mientras le hacía esta plegaria: " Vengo a darte gracias por cinco siglos de evangelización de un Nuevo Continente ". Se trata de la única Imagen de María coronada por manos del Papa, en España.
A sus plantas nació, tanto el DESCUBRIMIENTO, como la EVANGELIZACIÓN de América.